Eclipse: 대규모 비타겟 메타볼로믹스 분석을 위한 LC-MS 정렬 도구

카테고리

프로그래밍/소프트웨어 개발

서브카테고리

데이터 분석

대상자

• 대상자: 메타볼로믹스 연구자, 생물정보학자, LC-MS 분석 전문가
• 난이도: 중급 이상 (Python 기초 및 LC-MS 데이터 이해 필요)

핵심 요약

• EclipseAligner 클래스를 사용하여 N개 샘플 병렬 그래프 기반 정렬 가능
• 자동 보정 기능으로 리텐션 시간/강도 스케일링 및 MS-DIAL, XCMS 등 도구 연동 지원
• mzTab-M 형식 출력으로 메타볼로믹스 데이터베이스 표준화된 저장 가능

섹션별 세부 요약

1. 패키지 소개

• Eclipse는 Bioinformatics Magazine에서 발표된 오픈소스 Python 패키지
• 그래프 기반 알고리즘으로 대규모 배치/기기 간 데이터 정렬 효율성 향상
• CSV/Pandas DataFrame 형식의 정렬 결과 후처리 용이

2. 주요 기능

• 리텐션 드리프트 보정 및 공통 피크 식별을 위한 그래프 생성 기능
• alignment_graph() 메서드로 정렬 품질 시각화 가능
• Snakemake/Nextflow 파이프라인과 자동화 연동 지원

3. 데이터 처리 흐름

• mzML 파일 로드 → 그래프 기반 정렬 → 정렬 테이블 생성 → mzTab-M 저장
• parameter tuning 및 정렬 메트릭 추출을 위한 도움 기능 포함

결론

• EclipseAligner를 통해 리텐션 시간/강도 자동 보정 및 다중 배치 데이터 정렬 가능
• mzTab-M 형식으로 표준화된 데이터 저장으로 메타볼로믹스 분석 신뢰성 향상
• GitHub 리포지토리를 통해 기능 요청/버그 리포트 참여 가능